сдал внутренний экзамен в автошколе, но не сдал теорию в ГАИ

Очень рекомендую взять за привычку спрашивать на основании какого регламентирующего документа автошкола (да и любое иное учреждение) предъявляет то или иное требование. 

Читаем Правила сдачи квалификационных экзаменов и выдачи водительских удостоверений которые регламинтируют порядок и условия сдачи:

21. Экзамены сдаются в следующей последовательности: сначала теоретический, затем - практический.
Кандидат в водители, не сдавший теоретический экзамен, к практическому экзамену не допускается. Повторный экзамен, как теоретический, так и практический, назначается не ранее чем через 7 дней со дня проведения предыдущего, (п. 21 в ред. Постановления Правительства РФ от 08.09.2000 N 670)
22. Положительная оценка, полученная на теоретическом экзамене, считается действительной в течение 3 месяцев.

Как видите, ни о какой повторной сдаче внутренних экзаменов речи не идет.